本プロファイルは、患者に関連付けられた微生物学的検査（一般細菌検査及び抗酸菌検査）の結果を記録、検索、および取得するためのDiagnosticReportリソースを使用するにあたっての、最低限の制約を記述したものである。またこのプロファイルを使用するときに、どの要素、拡張機能、語彙、および値セットがリソースに存在する必要があるかを示す。

微生物学的検査結果は、通常はObservationリソースを参照するDiagnosticReportリソースを使用してグループ化および要約されたものである。
各Observationリソースは、個々の微生物学的検査と結果値またはコンポーネントの結果、または他のObservationを参照するネストするためのパネル（微生物感受性パネルなど）を表す。 また、レポート形式またはフリーテキストで表示することもできる。

背景および想定シナリオ

本プロファイルは、以下のようなユースケースを想定している。

• 通常の診療業務として施設内で発生する検査オーダを元に実施される微生物学的検査の結果報告の参照（患者単位）
• 院内の感染対策として特定の病原体感染（例：MRSA、ESBL産生菌等のような多剤耐性菌）の発生状況に関するサーベイランス（感染対策チームなどによる患者横断的な探索）
• 厚生労働省の院内感染対策サーベイランス（JANIS）のような公的機関による公衆衛生上の調査（施設横断的な調査）

スコープ

微生物学的検査を構成する一般細菌検査及び抗酸菌検査は複数の検査方法（塗抹鏡検、培養同定、感受性検査、分子生物学的検査、免疫学的検査など）で構成され、対象とする微生物の種類や検査目的などによって使用する検査方法の組み合わせが違ってくる。これらの検査方法のうちで培養同定は検査を開始してから最終の詳細結果が出るまでに一般細菌検査で数日、抗酸菌検査では数週間を要し、その間に段階的に判明する検査結果が数回に渡って報告され、内容が徐々に詳細になっていくという特徴がある。また、感受性検査は培養同定の結果に応じて実施され、培養同定された菌ごとに結果が報告される。

また、院内感染対策の観点から検査結果次第で当該患者に接する医療従事者への緊急の連絡あるいは結果の強調表示を要する検査が存在する（抗酸菌の塗抹鏡検結果、一般細菌の感受性結果など）。

微生物学的検査レポートで取り扱う結果報告書は、検査の診断結果として提供される一連の情報を組み合わせたものであるが、上記のような性質のため、時間経過とともに情報がより詳細かつより豊富に変化するという特徴を持つ。この情報には細菌または抗酸菌の種類とその量（定性値あるいは定量値）の情報、感受性を調べた薬剤の種類、感受性の有無を判定するための情報（最小発育阻止濃度）、それに基づいた感受性判定結果などが含まれ、情報の種別としてはテキスト、数値、コードなどが含まれる。画像情報は通常は返されないが、塗抹鏡検の写真をレポートに含める医療機関や検査会社があるかもしれない（未確認）。これらの情報の組み合わせは検査種別や報告のタイミング（検査の進捗状況）に応じて変化する。

現バージョンの本プロファイルでは原虫及びウイルスについては対象として想定していないが、診療報酬点数表に於いては「細菌培養同定検査は、抗酸菌を除く一般細菌、真菌、原虫等を対象として培養を行い、同定検査を行うことを原則とする。」と記載されており、原虫についても細菌検査の対象に含めることが必要になるケースがあり得ると考えられる。

本プロファイルの成熟度

本プロファイルは、Trial Useとして公開する。 微生物培養検査の結果を示すDiagnosticReportはFHIR R4でも複数の例が提示され、R5ではさらに異なる構造が例示されていることからも分かるように、複雑な構造を有している。
JP CoreではR4におけるMicro Isolate and Sensitivities-1をベースにプロファイルを作成したが、ユースケースによってはうまく整合しない場合がある可能性を否めない。
もし問題があった場合は、どのような問題が生じたか報告をお願いしたい。v1.2ではそれらの意見を統合した上で再検討する予定である。

プロファイル定義

• Differential Table
• Key Elements Table
• Snapshot Table
• Text Summary
• Terminology Bindings
• Constraints
• All

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints
DiagnosticReport		0..*	JP_DiagnosticReport_Common	診断レポート-依頼情報、１項目単位の結果、画像、解釈、およびフォーマットされたレポートの組み合わせ。【詳細参照】
identifier		0..*	Identifier	実行者/実施者または他のシステムによってこのレポートに割り当てられた識別子
basedOn		0..*	Reference(CarePlan | ImmunizationRecommendation | JP Core MedicationRequest Profile | JP Core MedicationRequest Injection Profile | NutritionOrder | ServiceRequest)	依頼されたサービス（検査や診断など）に関する詳細情報
Slices for category		1..*	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービスを分類するコード。微生物検査では、LoincコードのLP7819-8 微生物検査/MICRO を使用する。 Slice: Unordered, Open by value:$this
category:microbiology		1..1	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービス（心臓病学、生化学、血液学、放射線医学など）を分類するコード Binding: JP Core Diagnostic Report Category ValueSet (required)
coding
system		0..1	uri	カテゴリーコードシステムの識別URL Fixed Value: http://loinc.org
code		1..1	code	カテゴリーコード Fixed Value: LP7819-8
code		1..1	CodeableConcept	診断レポート種別「微生物学的検査報告書」を表す文書コード Required Pattern: At least the following
coding		1..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system Fixed Value: (complex)
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_DocumentCodes_CS
code		1..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: 18725-2
display		1..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system Fixed Value: 微生物学的検査報告書
encounter		0..1	Reference(JP Core Encounter Profile)	直近の細菌検査に直結するEncounterリソースを参照
effective[x]		0..1	dateTime	検体採取日時（effectivePeriod は未使用）
issued		0..1	instant	最新のレポート確定日
performer		0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	診断レポートの作成発行に責任をもつ診断サービス/担当者に関する情報、原則未使用とする
resultsInterpreter		0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	検査責任者（外部検査会社への委託の場合には組織名を指定することもある）
result		0..*	Reference(JP Core Observation Microbiology Profile)	該当するObservationを設定する
imagingStudy		0..*	Reference(ImagingStudy)	診断レポートに関連づけれられたDICOM検査画像に関する情報、原則未使用
conclusion		0..1	string	簡潔かつ臨床的な文脈で表現した診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）、 原則未使用であるがコメントを記載してもよい
conclusionCode		0..*	CodeableConcept	診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）を表すコード、原則未使用
presentedForm		0..*	Attachment	診断サービス/担当者によって発行された診断レポート全体のコンテンツ（例えばPDFファイルなど）、原則未使用
Documentation for this format

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints
DiagnosticReport		0..*	JP_DiagnosticReport_Common	診断レポート-依頼情報、１項目単位の結果、画像、解釈、およびフォーマットされたレポートの組み合わせ。【詳細参照】
implicitRules	?!Σ	0..1	uri	このコンテンツが作成されたルールのセット / A set of rules under which this content was created
modifierExtension	?!	0..*	Extension	無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored
identifier	Σ	0..*	Identifier	実行者/実施者または他のシステムによってこのレポートに割り当てられた識別子
basedOn		0..*	Reference(CarePlan | ImmunizationRecommendation | JP Core MedicationRequest Profile | JP Core MedicationRequest Injection Profile | NutritionOrder | ServiceRequest)	依頼されたサービス（検査や診断など）に関する詳細情報
status	?!Σ	1..1	code	診断レポートのステータス Binding: DiagnosticReportStatus (required): 診断レポートのステータス。 / The status of the diagnostic report.
Slices for category	Σ	1..*	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービスを分類するコード。微生物検査では、LoincコードのLP7819-8 微生物検査/MICRO を使用する。 Slice: Unordered, Open by value:$this Binding: DiagnosticServiceSectionCodes (example): 診断サービスセクションのコード。 / Codes for diagnostic service sections.
category:microbiology	Σ	1..1	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービス（心臓病学、生化学、血液学、放射線医学など）を分類するコード Binding: JP Core Diagnostic Report Category ValueSet (required)
code	Σ	1..1	CodeableConcept	診断レポート種別「微生物学的検査報告書」を表す文書コード Binding: JP Core Document Codes DiagnosticReport ValueSet (preferred) Required Pattern: At least the following
coding		1..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system Fixed Value: (complex)
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_DocumentCodes_CS
code		1..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: 18725-2
display		1..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system Fixed Value: 微生物学的検査報告書
encounter	Σ	0..1	Reference(JP Core Encounter Profile)	直近の細菌検査に直結するEncounterリソースを参照
effective[x]	Σ	0..1	dateTime	検体採取日時（effectivePeriod は未使用）
issued	Σ	0..1	instant	最新のレポート確定日
performer	Σ	0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	診断レポートの作成発行に責任をもつ診断サービス/担当者に関する情報、原則未使用とする
resultsInterpreter	Σ	0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	検査責任者（外部検査会社への委託の場合には組織名を指定することもある）
result		0..*	Reference(JP Core Observation Microbiology Profile)	該当するObservationを設定する
imagingStudy		0..*	Reference(ImagingStudy)	診断レポートに関連づけれられたDICOM検査画像に関する情報、原則未使用
conclusion		0..1	string	簡潔かつ臨床的な文脈で表現した診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）、 原則未使用であるがコメントを記載してもよい
conclusionCode		0..*	CodeableConcept	診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）を表すコード、原則未使用 Binding: SNOMEDCTClinicalFindings (example): レポートの補助として提供される診断コード。 / Diagnosis codes provided as adjuncts to the report.
presentedForm		0..*	Attachment	診断サービス/担当者によって発行された診断レポート全体のコンテンツ（例えばPDFファイルなど）、原則未使用
Documentation for this format

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints
DiagnosticReport		0..*	JP_DiagnosticReport_Common	診断レポート-依頼情報、１項目単位の結果、画像、解釈、およびフォーマットされたレポートの組み合わせ。【詳細参照】
id	Σ	0..1	id	このアーティファクトの論理ID / Logical id of this artifact
meta	Σ	0..1	Meta	リソースに関するメタデータ / Metadata about the resource
implicitRules	?!Σ	0..1	uri	このコンテンツが作成されたルールのセット / A set of rules under which this content was created
language		0..1	code	リソースコンテンツの言語 / Language of the resource content Binding: CommonLanguages (preferred): 人間の言語。 / A human language. Additional Bindings Purpose AllLanguages Max Binding
text		0..1	Narrative	人間の解釈のためのリソースのテキスト概要 / Text summary of the resource, for human interpretation
contained		0..*	Resource	インラインリソースが含まれています / Contained, inline Resources
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
modifierExtension	?!	0..*	Extension	無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored
identifier	Σ	0..*	Identifier	実行者/実施者または他のシステムによってこのレポートに割り当てられた識別子
basedOn		0..*	Reference(CarePlan | ImmunizationRecommendation | JP Core MedicationRequest Profile | JP Core MedicationRequest Injection Profile | NutritionOrder | ServiceRequest)	依頼されたサービス（検査や診断など）に関する詳細情報
status	?!Σ	1..1	code	診断レポートのステータス Binding: DiagnosticReportStatus (required): 診断レポートのステータス。 / The status of the diagnostic report.
Slices for category	Σ	1..*	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービスを分類するコード。微生物検査では、LoincコードのLP7819-8 微生物検査/MICRO を使用する。 Slice: Unordered, Open by value:$this Binding: DiagnosticServiceSectionCodes (example): 診断サービスセクションのコード。 / Codes for diagnostic service sections.
category:All Slices				Content/Rules for all slices
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	Σ	0..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	0..1	uri	カテゴリーコードシステムの識別URL
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	カテゴリーコード
display	Σ	0..1	string	カテゴリー表示名
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
category:microbiology	Σ	1..1	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービス（心臓病学、生化学、血液学、放射線医学など）を分類するコード Binding: JP Core Diagnostic Report Category ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	Σ	0..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	0..1	uri	カテゴリーコードシステムの識別URL Fixed Value: http://loinc.org
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	1..1	code	カテゴリーコード Fixed Value: LP7819-8
display	Σ	0..1	string	カテゴリー表示名
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
code	Σ	1..1	CodeableConcept	診断レポート種別「微生物学的検査報告書」を表す文書コード Binding: JP Core Document Codes DiagnosticReport ValueSet (preferred) Required Pattern: At least the following
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
coding		1..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system Fixed Value: (complex)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_DocumentCodes_CS
version		0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code		1..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: 18725-2
display		1..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system Fixed Value: 微生物学的検査報告書
userSelected		0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text		0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
subject	Σ	0..1	Reference(JP Core Patient Profile | Group | Device | JP Core Location Profile)	診断レポートの対象患者に関する情報
encounter	Σ	0..1	Reference(JP Core Encounter Profile)	直近の細菌検査に直結するEncounterリソースを参照
effective[x]	Σ	0..1	dateTime	検体採取日時（effectivePeriod は未使用）
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performer	Σ	0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	診断レポートの作成発行に責任をもつ診断サービス/担当者に関する情報、原則未使用とする
resultsInterpreter	Σ	0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	検査責任者（外部検査会社への委託の場合には組織名を指定することもある）
specimen		0..*	Reference(Specimen)	診断レポートのもとになった検体に関する情報
result		0..*	Reference(JP Core Observation Microbiology Profile)	該当するObservationを設定する
imagingStudy		0..*	Reference(ImagingStudy)	診断レポートに関連づけれられたDICOM検査画像に関する情報、原則未使用
media	Σ	0..*	BackboneElement	診断レポートに関連づけられたメディアに関する情報
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
modifierExtension	?!Σ	0..*	Extension	認識されていなくても無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored even if unrecognized
comment		0..1	string	画像についてのコメント（例：説明） / Comment about the image (e.g. explanation)
link	Σ	1..1	Reference(Media)	画像ソースへの参照 / Reference to the image source
conclusion		0..1	string	簡潔かつ臨床的な文脈で表現した診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）、 原則未使用であるがコメントを記載してもよい
conclusionCode		0..*	CodeableConcept	診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）を表すコード、原則未使用 Binding: SNOMEDCTClinicalFindings (example): レポートの補助として提供される診断コード。 / Diagnosis codes provided as adjuncts to the report.
presentedForm		0..*	Attachment	診断サービス/担当者によって発行された診断レポート全体のコンテンツ（例えばPDFファイルなど）、原則未使用
Documentation for this format

Differential View

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints
DiagnosticReport		0..*	JP_DiagnosticReport_Common	診断レポート-依頼情報、１項目単位の結果、画像、解釈、およびフォーマットされたレポートの組み合わせ。【詳細参照】
identifier		0..*	Identifier	実行者/実施者または他のシステムによってこのレポートに割り当てられた識別子
basedOn		0..*	Reference(CarePlan | ImmunizationRecommendation | JP Core MedicationRequest Profile | JP Core MedicationRequest Injection Profile | NutritionOrder | ServiceRequest)	依頼されたサービス（検査や診断など）に関する詳細情報
Slices for category		1..*	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービスを分類するコード。微生物検査では、LoincコードのLP7819-8 微生物検査/MICRO を使用する。 Slice: Unordered, Open by value:$this
category:microbiology		1..1	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービス（心臓病学、生化学、血液学、放射線医学など）を分類するコード Binding: JP Core Diagnostic Report Category ValueSet (required)
coding
system		0..1	uri	カテゴリーコードシステムの識別URL Fixed Value: http://loinc.org
code		1..1	code	カテゴリーコード Fixed Value: LP7819-8
code		1..1	CodeableConcept	診断レポート種別「微生物学的検査報告書」を表す文書コード Required Pattern: At least the following
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effective[x]		0..1	dateTime	検体採取日時（effectivePeriod は未使用）
issued		0..1	instant	最新のレポート確定日
performer		0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	診断レポートの作成発行に責任をもつ診断サービス/担当者に関する情報、原則未使用とする
resultsInterpreter		0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	検査責任者（外部検査会社への委託の場合には組織名を指定することもある）
result		0..*	Reference(JP Core Observation Microbiology Profile)	該当するObservationを設定する
imagingStudy		0..*	Reference(ImagingStudy)	診断レポートに関連づけれられたDICOM検査画像に関する情報、原則未使用
conclusion		0..1	string	簡潔かつ臨床的な文脈で表現した診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）、 原則未使用であるがコメントを記載してもよい
conclusionCode		0..*	CodeableConcept	診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）を表すコード、原則未使用
presentedForm		0..*	Attachment	診断サービス/担当者によって発行された診断レポート全体のコンテンツ（例えばPDFファイルなど）、原則未使用
Documentation for this format

Key Elements View

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints
DiagnosticReport		0..*	JP_DiagnosticReport_Common	診断レポート-依頼情報、１項目単位の結果、画像、解釈、およびフォーマットされたレポートの組み合わせ。【詳細参照】
implicitRules	?!Σ	0..1	uri	このコンテンツが作成されたルールのセット / A set of rules under which this content was created
modifierExtension	?!	0..*	Extension	無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored
identifier	Σ	0..*	Identifier	実行者/実施者または他のシステムによってこのレポートに割り当てられた識別子
basedOn		0..*	Reference(CarePlan | ImmunizationRecommendation | JP Core MedicationRequest Profile | JP Core MedicationRequest Injection Profile | NutritionOrder | ServiceRequest)	依頼されたサービス（検査や診断など）に関する詳細情報
status	?!Σ	1..1	code	診断レポートのステータス Binding: DiagnosticReportStatus (required): 診断レポートのステータス。 / The status of the diagnostic report.
Slices for category	Σ	1..*	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービスを分類するコード。微生物検査では、LoincコードのLP7819-8 微生物検査/MICRO を使用する。 Slice: Unordered, Open by value:$this Binding: DiagnosticServiceSectionCodes (example): 診断サービスセクションのコード。 / Codes for diagnostic service sections.
category:microbiology	Σ	1..1	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービス（心臓病学、生化学、血液学、放射線医学など）を分類するコード Binding: JP Core Diagnostic Report Category ValueSet (required)
code	Σ	1..1	CodeableConcept	診断レポート種別「微生物学的検査報告書」を表す文書コード Binding: JP Core Document Codes DiagnosticReport ValueSet (preferred) Required Pattern: At least the following
coding		1..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system Fixed Value: (complex)
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_DocumentCodes_CS
code		1..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: 18725-2
display		1..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system Fixed Value: 微生物学的検査報告書
encounter	Σ	0..1	Reference(JP Core Encounter Profile)	直近の細菌検査に直結するEncounterリソースを参照
effective[x]	Σ	0..1	dateTime	検体採取日時（effectivePeriod は未使用）
issued	Σ	0..1	instant	最新のレポート確定日
performer	Σ	0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	診断レポートの作成発行に責任をもつ診断サービス/担当者に関する情報、原則未使用とする
resultsInterpreter	Σ	0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	検査責任者（外部検査会社への委託の場合には組織名を指定することもある）
result		0..*	Reference(JP Core Observation Microbiology Profile)	該当するObservationを設定する
imagingStudy		0..*	Reference(ImagingStudy)	診断レポートに関連づけれられたDICOM検査画像に関する情報、原則未使用
conclusion		0..1	string	簡潔かつ臨床的な文脈で表現した診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）、 原則未使用であるがコメントを記載してもよい
conclusionCode		0..*	CodeableConcept	診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）を表すコード、原則未使用 Binding: SNOMEDCTClinicalFindings (example): レポートの補助として提供される診断コード。 / Diagnosis codes provided as adjuncts to the report.
presentedForm		0..*	Attachment	診断サービス/担当者によって発行された診断レポート全体のコンテンツ（例えばPDFファイルなど）、原則未使用
Documentation for this format

Snapshot View

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints
DiagnosticReport		0..*	JP_DiagnosticReport_Common	診断レポート-依頼情報、１項目単位の結果、画像、解釈、およびフォーマットされたレポートの組み合わせ。【詳細参照】
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modifierExtension	?!	0..*	Extension	無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored
identifier	Σ	0..*	Identifier	実行者/実施者または他のシステムによってこのレポートに割り当てられた識別子
basedOn		0..*	Reference(CarePlan | ImmunizationRecommendation | JP Core MedicationRequest Profile | JP Core MedicationRequest Injection Profile | NutritionOrder | ServiceRequest)	依頼されたサービス（検査や診断など）に関する詳細情報
status	?!Σ	1..1	code	診断レポートのステータス Binding: DiagnosticReportStatus (required): 診断レポートのステータス。 / The status of the diagnostic report.
Slices for category	Σ	1..*	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービスを分類するコード。微生物検査では、LoincコードのLP7819-8 微生物検査/MICRO を使用する。 Slice: Unordered, Open by value:$this Binding: DiagnosticServiceSectionCodes (example): 診断サービスセクションのコード。 / Codes for diagnostic service sections.
category:All Slices				Content/Rules for all slices
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	Σ	0..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
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extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
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code	Σ	0..1	code	カテゴリーコード
display	Σ	0..1	string	カテゴリー表示名
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category:microbiology	Σ	1..1	CodeableConcept	診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービス（心臓病学、生化学、血液学、放射線医学など）を分類するコード Binding: JP Core Diagnostic Report Category ValueSet (required)
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extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
coding		1..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system Fixed Value: (complex)
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extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_DocumentCodes_CS
version		0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code		1..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: 18725-2
display		1..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system Fixed Value: 微生物学的検査報告書
userSelected		0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text		0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
subject	Σ	0..1	Reference(JP Core Patient Profile | Group | Device | JP Core Location Profile)	診断レポートの対象患者に関する情報
encounter	Σ	0..1	Reference(JP Core Encounter Profile)	直近の細菌検査に直結するEncounterリソースを参照
effective[x]	Σ	0..1	dateTime	検体採取日時（effectivePeriod は未使用）
issued	Σ	0..1	instant	最新のレポート確定日
performer	Σ	0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	診断レポートの作成発行に責任をもつ診断サービス/担当者に関する情報、原則未使用とする
resultsInterpreter	Σ	0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam)	検査責任者（外部検査会社への委託の場合には組織名を指定することもある）
specimen		0..*	Reference(Specimen)	診断レポートのもとになった検体に関する情報
result		0..*	Reference(JP Core Observation Microbiology Profile)	該当するObservationを設定する
imagingStudy		0..*	Reference(ImagingStudy)	診断レポートに関連づけれられたDICOM検査画像に関する情報、原則未使用
media	Σ	0..*	BackboneElement	診断レポートに関連づけられたメディアに関する情報
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
modifierExtension	?!Σ	0..*	Extension	認識されていなくても無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored even if unrecognized
comment		0..1	string	画像についてのコメント（例：説明） / Comment about the image (e.g. explanation)
link	Σ	1..1	Reference(Media)	画像ソースへの参照 / Reference to the image source
conclusion		0..1	string	簡潔かつ臨床的な文脈で表現した診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）、 原則未使用であるがコメントを記載してもよい
conclusionCode		0..*	CodeableConcept	診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）を表すコード、原則未使用 Binding: SNOMEDCTClinicalFindings (example): レポートの補助として提供される診断コード。 / Diagnosis codes provided as adjuncts to the report.
presentedForm		0..*	Attachment	診断サービス/担当者によって発行された診断レポート全体のコンテンツ（例えばPDFファイルなど）、原則未使用
Documentation for this format

This structure is derived from JP_DiagnosticReport_Common

Summary

Mandatory: 2 elements(1 nested mandatory element)
Fixed: 2 elements

Structures

This structure refers to these other structures:

• JP Core Observation Microbiology Profile (http://jpfhir.jp/fhir/core/StructureDefinition/JP_Observation_Microbiology)

Slices

This structure defines the following Slices:

• The element 1 is sliced based on the values of DiagnosticReport.category

Terminology Bindings

Path	Conformance	ValueSet / Code	URI
DiagnosticReport.language	preferred	CommonLanguages Additional Bindings Purpose AllLanguages Max Binding http://hl7.org/fhir/ValueSet/languages from the FHIR Standard
DiagnosticReport.status	required	DiagnosticReportStatus http://hl7.org/fhir/ValueSet/diagnostic-report-status|4.0.1 from the FHIR Standard
DiagnosticReport.category	example	DiagnosticServiceSectionCodes http://hl7.org/fhir/ValueSet/diagnostic-service-sections from the FHIR Standard
DiagnosticReport.category:microbiology	required	JP_DiagnosticReportCategory_VS http://jpfhir.jp/fhir/core/ValueSet/JP_DiagnosticReportCategory_VS from this IG
DiagnosticReport.code	preferred	Pattern: 18725-2("微生物学的検査報告書") http://jpfhir.jp/fhir/core/ValueSet/JP_DocumentCodes_DiagnosticReport_VS from this IG
DiagnosticReport.conclusionCode	example	SNOMEDCTClinicalFindings http://hl7.org/fhir/ValueSet/clinical-findings from the FHIR Standard

Constraints

Id	Grade	Path(s)	Details	Requirements
dom-2	error	DiagnosticReport	リソースが別のリソースに含まれている場合、ネストされたリソースを含めてはなりません / If the resource is contained in another resource, it SHALL NOT contain nested Resources : contained.contained.empty()
dom-3	error	DiagnosticReport	リソースが別のリソースに含まれている場合、それはリソースの他の場所から参照されるか、含有リソースを参照するものとします / If the resource is contained in another resource, it SHALL be referred to from elsewhere in the resource or SHALL refer to the containing resource : contained.where((('#'+id in (%resource.descendants().reference | %resource.descendants().as(canonical) | %resource.descendants().as(uri) | %resource.descendants().as(url))) or descendants().where(reference = '#').exists() or descendants().where(as(canonical) = '#').exists() or descendants().where(as(canonical) = '#').exists()).not()).trace('unmatched', id).empty()
dom-4	error	DiagnosticReport	リソースが別のリソースに含まれている場合、meta.versionidもmeta.lastupdatedも持ってはならない。 / If a resource is contained in another resource, it SHALL NOT have a meta.versionId or a meta.lastUpdated : contained.meta.versionId.empty() and contained.meta.lastUpdated.empty()
dom-5	error	DiagnosticReport	別のリソースにリソースが含まれている場合、セキュリティラベルはありません / If a resource is contained in another resource, it SHALL NOT have a security label : contained.meta.security.empty()
dom-6	best practice	DiagnosticReport	リソースには、堅牢な管理のための叙述(Narative)が必要です / A resource should have narrative for robust management : text.`div`.exists()
ele-1	error	**ALL** elements	すべてのFHIR要素には、@valueまたは子供が必要です / All FHIR elements must have a @value or children : hasValue() or (children().count() > id.count())
ext-1	error	**ALL** extensions	両方ではなく、拡張または値[x]が必要です / Must have either extensions or value[x], not both : extension.exists() != value.exists()

必須要素

本プロファイルでは、次の要素を持たなければならない。

• status : 診断レポートのステータスは必須である。http://hl7.org/fhir/diagnostic-report-status　よりひとつを選択する。final：完成レポート、cancelled：取り消しレポート、partial：部分作成レポート（不完全）など。
• category : レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービスを分類するコード。LP7819-8 “微生物検査” 固定、必須。
• code : レポート種別コード。system：”http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_DocumentCodes_CS”　code: “18725-2” 　display: “微生物学的検査報告書” 　固定、必須。

Extensions定義

本プロファイルで追加定義された拡張はない。

制約一覧

本プロファイルでは、以下の制約を満たさなければならない。

利用方法

OperationおよびSearch Parameter 一覧

Search Parameter一覧

微生物学的検査結果ユースケースのSearch Parameter一覧は共通情報プロファイルとは異なり以下の通りである。

サンプル

• 一般細菌検査レポート

注意事項

微生物検査結果　培養・同定と感受性のネスト構造

次のDiagnosticReportリソースの例は、関連するObservationを使用して、1レベルと2レベルのネストされた菌および感受性パネルを備えた培養・同定結果と感受性結果の例を示す。

その他、参考文献・リンク等

1. 厚生労働省院内感染対策サーベイランス事業 (https://janis.mhlw.go.jp/)
2. FHIR BaseのDiagnosticReportサンプル(Micro Isolate and Sensitivities) DiagnosticReport-Examples#Micro Isolate and Sensitivities