本プロファイル説明は、患者に関連付けられた微生物検査結果を記録、検索、および取得のために、FHIR Observationリソースを使用するにあたっての、最低限の制約を記述したものである。 Observation リソースに対して本プロファイルに準拠する場合に必須となる要素や、サポートすべき拡張、用語、検索パラメータを定義する。

なお、検査結果は、Observationリソースを参照するDiagnosticReportリソースを使用してグループ化および要約されたものである。各Observationリソースは、塗抹、培養・同定、薬剤感受性のネストされた個々の微生物検査と結果値、他の観察結果を参照する。

背景および想定シナリオ

本プロファイルは、以下のようなユースケースを想定している。

• 検体採取日、菌名に対し条件に合致する微生物検査情報、または関連する他のリソース（Observationリソースや、Patientリソース等）の参照
• 親リソース（兄弟リソース？）に対する追加項目として菌量を加えた条件に合致する微生物検査情報、または関連する他のリソース（Observationリソースや、Patientリソース等）の参照
• ICT等を目的として、子リソースに対する追加項目として薬剤感受性判定値、感受性有無、薬剤名、材料（採取部位、カテーテル等）、患者情報（病棟／病室＋その先のMedicationDispenseリソースの投薬情報）を加えた条件に合致するる微生物検査情報、または関連する他のリソース（Observationリソースや、Patientリソース等）の参照
• 診療目的として、Patientリソースからの指定された（患者の）検体採取日、依頼日での微生物検査情報の参照

スコープ

本プロファイルでは上記想定シナリオにて用いられる Observationの用途がスコープであり、特に微生物学的検査に該当する情報項目の１つを取り扱う際に、必要な要件を定義している。

本プロファイルでは微生物学的検査（一般細菌検査及び抗酸菌検査）に関わる複数の情報を一つのグループとして表現するため、一つの情報項目を表現するObservationリソースを必要な情報項目数分用意し、それらを1つにグルーピングして扱う。

具体的には .hasMemberエレメントに対して関連する下位の本プロファイルを適用したObservationリソースを関連づけることでグルーピングを行う。微生物学検査で表現する情報群については、図にて表現されるように、検査結果レポートに相当する JP_DiagnosticReport_Microbiologyに（第0層）に対し、

• 第1層：「培養・同定（Organism panels）」、「塗抹（Gram-stain、または AFB-stains、または Others）」
• 第2層：「菌名・菌量（Organism Id）」、「培養結果（growth）」、「薬剤感受性（Susceptibility panels）」
• 第3層：「感受性結果（Susceptibility Measurement）」

という情報要素を表現する本プロファイルを適用したObservationリソースを用意する。それぞれの層では一般微生物学検査または抗酸菌検査を実施した際に得られる以下の情報が収容されることを想定している。

第1層は微生物学検査で順を追って行なわれる検査種別に対応した情報が収容され、最初に施行される塗抹標本の顕微鏡による鏡検に相当するcategoryである「塗抹（Gram-stain、または AFB-stains、または Others）」と、それに引き続いて行なう培養・同定検査に相当するcategoryである「培養・同定（Organism panels）」から構成される。このうち、「塗抹（Gram-stain、または AFB-stains、または Others）」についてはこの階層で検査結果が収容され、これより下の階層は存在しない。

「培養・同定（Organism panels）」は構成要素として培養・同定された各菌毎の情報を下層に持ち、一般微生物学検査では「菌名・菌量（Organism Id）」及び「薬剤感受性（Susceptibility panels）」が、抗酸菌検査ではそれらに加えて「培養結果（growth）」が下層の情報となる。 このように第2層は第1層の「培養・同定（Organism panels）」の下の階層という位置付けとなり、その構成要素である「菌名・菌量（Organism Id）」は培養された菌の菌名と菌量（定性値または定量値）の情報が一般細菌検査・抗酸菌検査ともに収容される。「薬剤感受性（Susceptibility panels）」は培養・同定検査に引き続いて行われる薬剤感受性検査の結果を示すCategoryである「感受性結果（Susceptibility Measurement）」を下層（第3層）に持つ。

同じく第2層の構成要素である「培養結果（growth）」は主として抗酸菌検査で用いられ、8週間後まで時系列に数回に渡って報告される抗酸菌培養の途中経過報告として培養結果の情報が収容される。 第3層となる「薬剤感受性（Susceptibility panels）」は上位層の培養・同定検査で同定された各菌のうちで薬剤感受性検査の対象となる菌について薬剤、最小発育阻止濃度（MIC）、判定結果の情報が収容される。

現バージョンの本プロファイルでは原虫及びウイルスについては対象として想定していないが、診療報酬点数表に於いては「細菌培養同定検査は、抗酸菌を除く一般細菌、真菌、原虫等を対象として培養を行い、同定検査を行うことを原則とする。」と記載されており、原虫についても微生物学検査の対象に含めることが必要になるケースがあり得ると考えられる。しかしながら現実の検査現場に於いて原虫は鏡検によって同定されているため、「培養・同定（Organism panels）」ではなく「塗抹（Gram-stain、または AFB-stains、または Others）」に結果を収容することが報告書としては適切と考える。

プロファイル定義

• Text Summary
• Differential Table
• Snapshot Table
• Terminology Bindings
• Constraints
• All

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints
Observation		0..*	JP_Observation_Common	測定や簡単な観察事実（assertion）
identifier		0..*	Identifier	当該検査項目に対し施設内で割り振られる一意の識別子があればこれを使用する
basedOn		0..*	Reference(ServiceRequest)	このObservationが実施されることになった依頼や計画／提案に関する情報、オーダ情報（ServiceRequest）
partOf		0..*	Reference(JP Core MedicationAdministration Profile | JP Core MedicationAdministration Injection Profile | JP Core MedicationDispenseBase Profile | MedicationStatement | JP Core Procedure Profile | JP Core Immunization Profile | ImagingStudy)	このObservationが親イベントの一部を成す要素であるときこの親イベントに関する情報、未使用
Slices for category		1..*	CodeableConcept	このObservationを分類するコード【詳細参照】 Slice: Unordered, Open by value:coding.system
category:microbiology		1..1	CodeableConcept	このObservationに関する分類（JP_SimpleObservationCategory_VS）、必須項目 Binding: JP Core Simple Observation Category ValueSet (required)
coding
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_SimpleObservationCategory_CS
code		0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: laboratory
category:loinc		0..*	CodeableConcept	このObservationに関するLOINC上の分類、任意項目
coding
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://loinc.org
code		0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: 18725-2
category:microbiologyCategory		0..1	CodeableConcept	このObservationに関する詳細分類、JP_MicrobiologyCategory_VSより選択する、任意項目 Binding: JP Core MicrobiologyCategory ValueSet (required)
coding
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_MicrobiologyCategory_CS
code
Slices for coding		0..*	Coding	このObservationの対象を特定するコード【詳細参照】 Slice: Unordered, Open by value:system
coding:infectious-agent		0..1	Coding	同定菌名を表現する場合に使用するコード、JANIS菌名コードを利用【詳細参照】 Binding: JP Core Microbiology Infectious Agent ValueSet (required)
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.100495.10.3.100.5.27.6.1
coding:antimicrobial-drug		0..1	Coding	抗菌薬コードを表現する場合に使用するコード、JANIS抗菌薬コードを利用【詳細参照】 Binding: JP Core Microbiology AntiMicrobial Drug ValueSet (required)
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.100495.10.3.100.5.11.5.2
coding:jlac10		0..1	Coding	塗抹結果、培養・同定結果を表現する場合に使用するコード、JLAC10を利用【詳細参照】 Binding: JP Core Observation LabResult Code ValueSet (required)
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.200119.4.504
subject		1..1	Reference(JP Core Patient Profile)	このObservationの対象となる患者や患者群、機器、場所に関する情報【詳細参照】
effective[x]		0..1		取得された結果が臨床的に確定された日時、検体採取日
effectiveDateTime			dateTime
effectivePeriod			Period
value[x]		0..1		検査によって得られた値を格納する【詳細参照】
valueQuantity			Quantity
valueCodeableConcept			CodeableConcept
valueString			string
interpretation		0..*	CodeableConcept	高、低、正常、High、low、 normal等、薬剤感受性結果（判定）を表現する場合に使用【詳細参照】
hasMember		0..*	Reference(JP Core Observation Microbiology Profile)	このObservationに関連する子リソースに関する情報。このObservationに関連する/属するパネル検査や検査セットなどのObservationグループ【詳細参照】
Documentation for this format

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints
Observation	C	0..*	JP_Observation_Common	測定や簡単な観察事実（assertion）
id	Σ	0..1	id	このアーティファクトの論理ID / Logical id of this artifact
meta	Σ	0..1	Meta	リソースに関するメタデータ / Metadata about the resource
implicitRules	?!Σ	0..1	uri	このコンテンツが作成されたルールのセット / A set of rules under which this content was created
language		0..1	code	リソースコンテンツの言語 / Language of the resource content Binding: CommonLanguages (preferred): 人間の言語。 / A human language. Additional Bindings Purpose AllLanguages Max Binding
text		0..1	Narrative	人間の解釈のためのリソースのテキスト概要 / Text summary of the resource, for human interpretation
contained		0..*	Resource	インラインリソースが含まれています / Contained, inline Resources
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
modifierExtension	?!	0..*	Extension	無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored
identifier	Σ	0..*	Identifier	当該検査項目に対し施設内で割り振られる一意の識別子があればこれを使用する
basedOn	Σ	0..*	Reference(ServiceRequest)	このObservationが実施されることになった依頼や計画／提案に関する情報、オーダ情報（ServiceRequest）
partOf	Σ	0..*	Reference(JP Core MedicationAdministration Profile | JP Core MedicationAdministration Injection Profile | JP Core MedicationDispenseBase Profile | MedicationStatement | JP Core Procedure Profile | JP Core Immunization Profile | ImagingStudy)	このObservationが親イベントの一部を成す要素であるときこの親イベントに関する情報、未使用
status	?!Σ	1..1	code	結果の状態【詳細参照】 Binding: ObservationStatus (required): 観察のステータスを提供するコード。 / Codes providing the status of an observation.
Slices for category		1..*	CodeableConcept	このObservationを分類するコード【詳細参照】 Slice: Unordered, Open by value:coding.system Binding: JP Core Simple Observation Category ValueSet (preferred)
category:microbiology		1..1	CodeableConcept	このObservationに関する分類（JP_SimpleObservationCategory_VS）、必須項目 Binding: JP Core Simple Observation Category ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	Σ	0..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_SimpleObservationCategory_CS
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: laboratory
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
category:loinc		0..*	CodeableConcept	このObservationに関するLOINC上の分類、任意項目 Binding: JP Core Simple Observation Category ValueSet (preferred)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	Σ	0..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://loinc.org
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: 18725-2
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
category:microbiologyCategory		0..1	CodeableConcept	このObservationに関する詳細分類、JP_MicrobiologyCategory_VSより選択する、任意項目 Binding: JP Core MicrobiologyCategory ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	Σ	0..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_MicrobiologyCategory_CS
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
code	Σ	1..1	CodeableConcept	このObservationの対象を特定するコード【詳細参照】 Binding: LOINCCodes (example): 単純な観測の名前を識別するコード。 / Codes identifying names of simple observations.
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
Slices for coding	Σ	0..*	Coding	このObservationの対象を特定するコード【詳細参照】 Slice: Unordered, Open by value:system
coding:infectious-agent	Σ	0..1	Coding	同定菌名を表現する場合に使用するコード、JANIS菌名コードを利用【詳細参照】 Binding: JP Core Microbiology Infectious Agent ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.100495.10.3.100.5.27.6.1
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
coding:antimicrobial-drug	Σ	0..1	Coding	抗菌薬コードを表現する場合に使用するコード、JANIS抗菌薬コードを利用【詳細参照】 Binding: JP Core Microbiology AntiMicrobial Drug ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.100495.10.3.100.5.11.5.2
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
coding:jlac10	Σ	0..1	Coding	塗抹結果、培養・同定結果を表現する場合に使用するコード、JLAC10を利用【詳細参照】 Binding: JP Core Observation LabResult Code ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.200119.4.504
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
subject	Σ	1..1	Reference(JP Core Patient Profile)	このObservationの対象となる患者や患者群、機器、場所に関する情報【詳細参照】
focus	Σ	0..*	Reference(Resource)	配偶者、親、胎児、ドナーなど、このObservationのsubject要素が実際の対象でない場合、その実際の対象に関する情報【詳細参照】
encounter	Σ	0..1	Reference(JP Core Encounter Profile)	診察や入院など、このObservationが実施されるきっかけとなった診療イベントに関する情報【詳細参照】
effective[x]	Σ	0..1		取得された結果が臨床的に確定された日時、検体採取日
effectiveDateTime			dateTime
effectivePeriod			Period
issued	Σ	0..1	instant	このバージョンのObservationが医療者に提供された日時。通常、結果を確認し検証後に提供される日時【詳細参照】
performer	Σ	0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam | JP Core Patient Profile | RelatedPerson)	このObservationの責任者/実施者に関する情報【詳細参照】
value[x]	ΣC	0..1		検査によって得られた値を格納する【詳細参照】
valueQuantity			Quantity
valueCodeableConcept			CodeableConcept
valueString			string
dataAbsentReason	C	0..1	CodeableConcept	このObservationのvalue[x]要素に期待される結果が存在しなかった場合、その理由【詳細参照】 Binding: DataAbsentReason (extensible): 結果（ balue.value [x]）が欠落している理由を指定するコード。 / Codes specifying why the result (Observation.value[x]) is missing.
interpretation		0..*	CodeableConcept	高、低、正常、High、low、 normal等、薬剤感受性結果（判定）を表現する場合に使用【詳細参照】 Binding: ObservationInterpretationCodes (extensible): 観測の解釈を識別するコード。 / Codes identifying interpretations of observations.
note		0..*	Annotation	このObservationに関するコメント【詳細参照】
bodySite		0..1	CodeableConcept	対象となった身体部位 Binding: SNOMEDCTBodyStructures (example): 解剖学的場所を説明するコード。左右性が含まれる場合があります。 / Codes describing anatomical locations. May include laterality.
method		0..1	CodeableConcept	このObservationの実施方法 Binding: ObservationMethods (example): 単純な観測の方法。 / Methods for simple observations.
specimen		0..1	Reference(Specimen)	このObservationに使われた検体/標本に関する情報【詳細参照】
device		0..1	Reference(Device | DeviceMetric)	このObservationでデータを得るために使われた測定機器に関する情報【詳細参照】
referenceRange	C	0..*	BackboneElement	基準範囲との比較による結果の解釈方法のガイダンス【詳細参照】
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
modifierExtension	?!Σ	0..*	Extension	認識されていなくても無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored even if unrecognized
low	C	0..1	SimpleQuantity	関連する場合は低レンジ / Low Range, if relevant
high	C	0..1	SimpleQuantity	関連する場合、高レンジ / High Range, if relevant
type		0..1	CodeableConcept	参照範囲予選 / Reference range qualifier Binding: ObservationReferenceRangeMeaningCodes (preferred): 参照範囲の意味のコード。 / Code for the meaning of a reference range.
appliesTo		0..*	CodeableConcept	参照範囲の母集団 / Reference range population Binding: ObservationReferenceRangeAppliesToCodes (example): 参照範囲が適用される母集団を識別するコード。 / Codes identifying the population the reference range applies to.
age		0..1	Range	適用される年齢範囲、関連する場合 / Applicable age range, if relevant
text		0..1	string	観察中のテキストベースの参照範囲 / Text based reference range in an observation
hasMember	Σ	0..*	Reference(JP Core Observation Microbiology Profile)	このObservationに関連する子リソースに関する情報。このObservationに関連する/属するパネル検査や検査セットなどのObservationグループ【詳細参照】
derivedFrom	Σ	0..*	Reference(DocumentReference | ImagingStudy | Media | QuestionnaireResponse | JP Core Observation Common Profile | MolecularSequence)	このObservationの結果の導出元に関する情報。例えば、画像検査から取得された結果となる場合その導出元となる画像検査結果を示すImagingStudyリソース【詳細参照】
component	Σ	0..*	BackboneElement	複合的な結果。例えば、血圧測定値ではそれを構成する収縮期および拡張期の値の組み合わせ【詳細参照】
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
modifierExtension	?!Σ	0..*	Extension	認識されていなくても無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored even if unrecognized
code	Σ	1..1	CodeableConcept	コンポーネント観測の種類（コード /タイプ） / Type of component observation (code / type) Binding: LOINCCodes (example): 単純な観測の名前を識別するコード。 / Codes identifying names of simple observations.
value[x]	Σ	0..1		実際のコンポーネントの結果 / Actual component result
valueQuantity			Quantity
valueCodeableConcept			CodeableConcept
valueString			string
valueBoolean			boolean
valueInteger			integer
valueRange			Range
valueRatio			Ratio
valueSampledData			SampledData
valueTime			time
valueDateTime			dateTime
valuePeriod			Period
dataAbsentReason	C	0..1	CodeableConcept	コンポーネントの結果が欠落している理由 / Why the component result is missing Binding: DataAbsentReason (extensible): 結果（ balue.value [x]）が欠落している理由を指定するコード。 / Codes specifying why the result (Observation.value[x]) is missing.
interpretation		0..*	CodeableConcept	高、低、正常など。 / High, low, normal, etc. Binding: ObservationInterpretationCodes (extensible): 観測の解釈を識別するコード。 / Codes identifying interpretations of observations.
referenceRange		0..*	See referenceRange (Observation)	コンポーネント結果の解釈のためのガイドを提供します / Provides guide for interpretation of component result
Documentation for this format

This structure is derived from JP_Observation_Common

Summary

Mandatory: 3 elements (6 nested mandatory elements)
Fixed Value: 8 elements

Structures

This structure refers to these other structures:

• JP Core Patient Profile (http://jpfhir.jp/fhir/core/StructureDefinition/JP_Patient)
• JP Core Observation Microbiology Profile (http://jpfhir.jp/fhir/core/StructureDefinition/JP_Observation_Microbiology)

Slices

This structure defines the following Slices:

• The element Observation.category is sliced based on the value of value:coding.system
• The element Observation.code.coding is sliced based on the value of value:system

Differential View

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints
Observation		0..*	JP_Observation_Common	測定や簡単な観察事実（assertion）
identifier		0..*	Identifier	当該検査項目に対し施設内で割り振られる一意の識別子があればこれを使用する
basedOn		0..*	Reference(ServiceRequest)	このObservationが実施されることになった依頼や計画／提案に関する情報、オーダ情報（ServiceRequest）
partOf		0..*	Reference(JP Core MedicationAdministration Profile | JP Core MedicationAdministration Injection Profile | JP Core MedicationDispenseBase Profile | MedicationStatement | JP Core Procedure Profile | JP Core Immunization Profile | ImagingStudy)	このObservationが親イベントの一部を成す要素であるときこの親イベントに関する情報、未使用
Slices for category		1..*	CodeableConcept	このObservationを分類するコード【詳細参照】 Slice: Unordered, Open by value:coding.system
category:microbiology		1..1	CodeableConcept	このObservationに関する分類（JP_SimpleObservationCategory_VS）、必須項目 Binding: JP Core Simple Observation Category ValueSet (required)
coding
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_SimpleObservationCategory_CS
code		0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: laboratory
category:loinc		0..*	CodeableConcept	このObservationに関するLOINC上の分類、任意項目
coding
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://loinc.org
code		0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: 18725-2
category:microbiologyCategory		0..1	CodeableConcept	このObservationに関する詳細分類、JP_MicrobiologyCategory_VSより選択する、任意項目 Binding: JP Core MicrobiologyCategory ValueSet (required)
coding
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_MicrobiologyCategory_CS
code
Slices for coding		0..*	Coding	このObservationの対象を特定するコード【詳細参照】 Slice: Unordered, Open by value:system
coding:infectious-agent		0..1	Coding	同定菌名を表現する場合に使用するコード、JANIS菌名コードを利用【詳細参照】 Binding: JP Core Microbiology Infectious Agent ValueSet (required)
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.100495.10.3.100.5.27.6.1
coding:antimicrobial-drug		0..1	Coding	抗菌薬コードを表現する場合に使用するコード、JANIS抗菌薬コードを利用【詳細参照】 Binding: JP Core Microbiology AntiMicrobial Drug ValueSet (required)
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.100495.10.3.100.5.11.5.2
coding:jlac10		0..1	Coding	塗抹結果、培養・同定結果を表現する場合に使用するコード、JLAC10を利用【詳細参照】 Binding: JP Core Observation LabResult Code ValueSet (required)
system		1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.200119.4.504
subject		1..1	Reference(JP Core Patient Profile)	このObservationの対象となる患者や患者群、機器、場所に関する情報【詳細参照】
effective[x]		0..1		取得された結果が臨床的に確定された日時、検体採取日
effectiveDateTime			dateTime
effectivePeriod			Period
value[x]		0..1		検査によって得られた値を格納する【詳細参照】
valueQuantity			Quantity
valueCodeableConcept			CodeableConcept
valueString			string
interpretation		0..*	CodeableConcept	高、低、正常、High、low、 normal等、薬剤感受性結果（判定）を表現する場合に使用【詳細参照】
hasMember		0..*	Reference(JP Core Observation Microbiology Profile)	このObservationに関連する子リソースに関する情報。このObservationに関連する/属するパネル検査や検査セットなどのObservationグループ【詳細参照】
Documentation for this format

Snapshot View

Name	Flags	Card.	Type	Description & Constraints
Observation	C	0..*	JP_Observation_Common	測定や簡単な観察事実（assertion）
id	Σ	0..1	id	このアーティファクトの論理ID / Logical id of this artifact
meta	Σ	0..1	Meta	リソースに関するメタデータ / Metadata about the resource
implicitRules	?!Σ	0..1	uri	このコンテンツが作成されたルールのセット / A set of rules under which this content was created
language		0..1	code	リソースコンテンツの言語 / Language of the resource content Binding: CommonLanguages (preferred): 人間の言語。 / A human language. Additional Bindings Purpose AllLanguages Max Binding
text		0..1	Narrative	人間の解釈のためのリソースのテキスト概要 / Text summary of the resource, for human interpretation
contained		0..*	Resource	インラインリソースが含まれています / Contained, inline Resources
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
modifierExtension	?!	0..*	Extension	無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored
identifier	Σ	0..*	Identifier	当該検査項目に対し施設内で割り振られる一意の識別子があればこれを使用する
basedOn	Σ	0..*	Reference(ServiceRequest)	このObservationが実施されることになった依頼や計画／提案に関する情報、オーダ情報（ServiceRequest）
partOf	Σ	0..*	Reference(JP Core MedicationAdministration Profile | JP Core MedicationAdministration Injection Profile | JP Core MedicationDispenseBase Profile | MedicationStatement | JP Core Procedure Profile | JP Core Immunization Profile | ImagingStudy)	このObservationが親イベントの一部を成す要素であるときこの親イベントに関する情報、未使用
status	?!Σ	1..1	code	結果の状態【詳細参照】 Binding: ObservationStatus (required): 観察のステータスを提供するコード。 / Codes providing the status of an observation.
Slices for category		1..*	CodeableConcept	このObservationを分類するコード【詳細参照】 Slice: Unordered, Open by value:coding.system Binding: JP Core Simple Observation Category ValueSet (preferred)
category:microbiology		1..1	CodeableConcept	このObservationに関する分類（JP_SimpleObservationCategory_VS）、必須項目 Binding: JP Core Simple Observation Category ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	Σ	0..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_SimpleObservationCategory_CS
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: laboratory
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
category:loinc		0..*	CodeableConcept	このObservationに関するLOINC上の分類、任意項目 Binding: JP Core Simple Observation Category ValueSet (preferred)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	Σ	0..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://loinc.org
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system Fixed Value: 18725-2
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
category:microbiologyCategory		0..1	CodeableConcept	このObservationに関する詳細分類、JP_MicrobiologyCategory_VSより選択する、任意項目 Binding: JP Core MicrobiologyCategory ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
coding	Σ	0..*	Coding	用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_MicrobiologyCategory_CS
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
code	Σ	1..1	CodeableConcept	このObservationの対象を特定するコード【詳細参照】 Binding: LOINCCodes (example): 単純な観測の名前を識別するコード。 / Codes identifying names of simple observations.
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
Slices for coding	Σ	0..*	Coding	このObservationの対象を特定するコード【詳細参照】 Slice: Unordered, Open by value:system
coding:infectious-agent	Σ	0..1	Coding	同定菌名を表現する場合に使用するコード、JANIS菌名コードを利用【詳細参照】 Binding: JP Core Microbiology Infectious Agent ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.100495.10.3.100.5.27.6.1
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
coding:antimicrobial-drug	Σ	0..1	Coding	抗菌薬コードを表現する場合に使用するコード、JANIS抗菌薬コードを利用【詳細参照】 Binding: JP Core Microbiology AntiMicrobial Drug ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.100495.10.3.100.5.11.5.2
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
coding:jlac10	Σ	0..1	Coding	塗抹結果、培養・同定結果を表現する場合に使用するコード、JLAC10を利用【詳細参照】 Binding: JP Core Observation LabResult Code ValueSet (required)
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations Slice: Unordered, Open by value:url
system	Σ	1..1	uri	用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system Fixed Value: urn:oid:1.2.392.200119.4.504
version	Σ	0..1	string	システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
code	Σ	0..1	code	システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system
display	Σ	0..1	string	システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
userSelected	Σ	0..1	boolean	このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
text	Σ	0..1	string	コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
subject	Σ	1..1	Reference(JP Core Patient Profile)	このObservationの対象となる患者や患者群、機器、場所に関する情報【詳細参照】
focus	Σ	0..*	Reference(Resource)	配偶者、親、胎児、ドナーなど、このObservationのsubject要素が実際の対象でない場合、その実際の対象に関する情報【詳細参照】
encounter	Σ	0..1	Reference(JP Core Encounter Profile)	診察や入院など、このObservationが実施されるきっかけとなった診療イベントに関する情報【詳細参照】
effective[x]	Σ	0..1		取得された結果が臨床的に確定された日時、検体採取日
effectiveDateTime			dateTime
effectivePeriod			Period
issued	Σ	0..1	instant	このバージョンのObservationが医療者に提供された日時。通常、結果を確認し検証後に提供される日時【詳細参照】
performer	Σ	0..*	Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam | JP Core Patient Profile | RelatedPerson)	このObservationの責任者/実施者に関する情報【詳細参照】
value[x]	ΣC	0..1		検査によって得られた値を格納する【詳細参照】
valueQuantity			Quantity
valueCodeableConcept			CodeableConcept
valueString			string
dataAbsentReason	C	0..1	CodeableConcept	このObservationのvalue[x]要素に期待される結果が存在しなかった場合、その理由【詳細参照】 Binding: DataAbsentReason (extensible): 結果（ balue.value [x]）が欠落している理由を指定するコード。 / Codes specifying why the result (Observation.value[x]) is missing.
interpretation		0..*	CodeableConcept	高、低、正常、High、low、 normal等、薬剤感受性結果（判定）を表現する場合に使用【詳細参照】 Binding: ObservationInterpretationCodes (extensible): 観測の解釈を識別するコード。 / Codes identifying interpretations of observations.
note		0..*	Annotation	このObservationに関するコメント【詳細参照】
bodySite		0..1	CodeableConcept	対象となった身体部位 Binding: SNOMEDCTBodyStructures (example): 解剖学的場所を説明するコード。左右性が含まれる場合があります。 / Codes describing anatomical locations. May include laterality.
method		0..1	CodeableConcept	このObservationの実施方法 Binding: ObservationMethods (example): 単純な観測の方法。 / Methods for simple observations.
specimen		0..1	Reference(Specimen)	このObservationに使われた検体/標本に関する情報【詳細参照】
device		0..1	Reference(Device | DeviceMetric)	このObservationでデータを得るために使われた測定機器に関する情報【詳細参照】
referenceRange	C	0..*	BackboneElement	基準範囲との比較による結果の解釈方法のガイダンス【詳細参照】
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
modifierExtension	?!Σ	0..*	Extension	認識されていなくても無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored even if unrecognized
low	C	0..1	SimpleQuantity	関連する場合は低レンジ / Low Range, if relevant
high	C	0..1	SimpleQuantity	関連する場合、高レンジ / High Range, if relevant
type		0..1	CodeableConcept	参照範囲予選 / Reference range qualifier Binding: ObservationReferenceRangeMeaningCodes (preferred): 参照範囲の意味のコード。 / Code for the meaning of a reference range.
appliesTo		0..*	CodeableConcept	参照範囲の母集団 / Reference range population Binding: ObservationReferenceRangeAppliesToCodes (example): 参照範囲が適用される母集団を識別するコード。 / Codes identifying the population the reference range applies to.
age		0..1	Range	適用される年齢範囲、関連する場合 / Applicable age range, if relevant
text		0..1	string	観察中のテキストベースの参照範囲 / Text based reference range in an observation
hasMember	Σ	0..*	Reference(JP Core Observation Microbiology Profile)	このObservationに関連する子リソースに関する情報。このObservationに関連する/属するパネル検査や検査セットなどのObservationグループ【詳細参照】
derivedFrom	Σ	0..*	Reference(DocumentReference | ImagingStudy | Media | QuestionnaireResponse | JP Core Observation Common Profile | MolecularSequence)	このObservationの結果の導出元に関する情報。例えば、画像検査から取得された結果となる場合その導出元となる画像検査結果を示すImagingStudyリソース【詳細参照】
component	Σ	0..*	BackboneElement	複合的な結果。例えば、血圧測定値ではそれを構成する収縮期および拡張期の値の組み合わせ【詳細参照】
id		0..1	string	要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
extension		0..*	Extension	実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
modifierExtension	?!Σ	0..*	Extension	認識されていなくても無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored even if unrecognized
code	Σ	1..1	CodeableConcept	コンポーネント観測の種類（コード /タイプ） / Type of component observation (code / type) Binding: LOINCCodes (example): 単純な観測の名前を識別するコード。 / Codes identifying names of simple observations.
value[x]	Σ	0..1		実際のコンポーネントの結果 / Actual component result
valueQuantity			Quantity
valueCodeableConcept			CodeableConcept
valueString			string
valueBoolean			boolean
valueInteger			integer
valueRange			Range
valueRatio			Ratio
valueSampledData			SampledData
valueTime			time
valueDateTime			dateTime
valuePeriod			Period
dataAbsentReason	C	0..1	CodeableConcept	コンポーネントの結果が欠落している理由 / Why the component result is missing Binding: DataAbsentReason (extensible): 結果（ balue.value [x]）が欠落している理由を指定するコード。 / Codes specifying why the result (Observation.value[x]) is missing.
interpretation		0..*	CodeableConcept	高、低、正常など。 / High, low, normal, etc. Binding: ObservationInterpretationCodes (extensible): 観測の解釈を識別するコード。 / Codes identifying interpretations of observations.
referenceRange		0..*	See referenceRange (Observation)	コンポーネント結果の解釈のためのガイドを提供します / Provides guide for interpretation of component result
Documentation for this format

Terminology Bindings

Path	Conformance	ValueSet
Observation.language	preferred	CommonLanguages Additional Bindings Purpose AllLanguages Max Binding
Observation.status	required	ObservationStatus
Observation.category	preferred	JP_SimpleObservationCategory_VS (a valid code from JP Core Simple Observation Category CodeSystem)
Observation.category:microbiology	required	JP_SimpleObservationCategory_VS (a valid code from JP Core Simple Observation Category CodeSystem)
Observation.category:loinc	preferred	JP_SimpleObservationCategory_VS (a valid code from JP Core Simple Observation Category CodeSystem)
Observation.category:microbiologyCategory	required	JP_MicrobiologyCategory_VS (a valid code from JP Core MicrobiologyCategory CodeSystem)
Observation.code	example	LOINCCodes (a valid code from LOINC)
Observation.code.coding:infectious-agent	required	JP_Microbiology_InfectiousAgent_VS (a valid code from JP Core Microbiology InfectiousAgent CodeSystem)
Observation.code.coding:antimicrobial-drug	required	JP_Microbiology_AntiMicrobialDrug_VS (a valid code from JP Core Microbiology AntiMicrobial Drug CodeSystem)
Observation.code.coding:jlac10	required	JP_ObservationLabResultCode_VS (a valid code from urn:oid:1.2.392.200119.4.504)
Observation.dataAbsentReason	extensible	DataAbsentReason
Observation.interpretation	extensible	ObservationInterpretationCodes
Observation.bodySite	example	SNOMEDCTBodyStructures
Observation.method	example	ObservationMethods
Observation.referenceRange.type	preferred	ObservationReferenceRangeMeaningCodes
Observation.referenceRange.appliesTo	example	ObservationReferenceRangeAppliesToCodes
Observation.component.code	example	LOINCCodes (a valid code from LOINC)
Observation.component.dataAbsentReason	extensible	DataAbsentReason
Observation.component.interpretation	extensible	ObservationInterpretationCodes

Constraints

Id	Grade	Path(s)	Details	Requirements
ele-1	error	**ALL** elements	すべてのFHIR要素には、@valueまたは子供が必要です / All FHIR elements must have a @value or children : hasValue() or (children().count() > id.count())
ext-1	error	**ALL** extensions	両方ではなく、拡張または値[x]が必要です / Must have either extensions or value[x], not both : extension.exists() != value.exists()
obs-3	error	Observation.referenceRange	少なくとも低いまたは高またはテキストが必要です / Must have at least a low or a high or text : low.exists() or high.exists() or text.exists()

必須要素

本プロファイルでは、次の要素を持たなければならない。

Observation リソースは、次の要素を持たなければならない。

• status : 検体検査情報項目の状態は必須である
• category : このリソースが示す検体検査情報項目を分類するための区分であり、このプロファイルでは必須とする
• code : このリソースは何の検体検査情報項目であるかを示すため必須である
• subject︓このリソースが示す検体検査情報項目がどの患者のものかを示すためこのプロファイルでは参照するpatientリソースの定義を必須とする

Extensions定義

本プロファイルで追加定義された拡張はない。

利用方法

OperationおよびSearch Parameter 一覧

Search Parameter一覧

ースケース独自のSearch Parameterが定義されていない場合、以下の表の内容が共通のSearch Parameterとなる。ただし、categoryパラメータおよびcodeパラメータについては、各ユースケース毎に異なる固定値および用語定義で定められたコード体系を指定することになるので注意が必要である。

Operation一覧

ObservationリソースのOperation一覧の定義はユースケースに依存せず共通であるため、共通情報プロファイルに記載されている。

Observation共通情報プロファイル#Operation一覧

サンプル

Diagnostic Reportのサンプルの一部に定義しているため、これを参照すること。

• 一般細菌検査レポート

その他、参考文献、リンク等

1. 厚生労働省院内感染対策サーベイランス事業 (https://janis.mhlw.go.jp/)