HL7 FHIR JP Core ImplementationGuide
1.1.2 - release Japan flag

HL7 FHIR JP Core ImplementationGuide - Local Development build (v1.1.2) built by the FHIR (HL7® FHIR® Standard) Build Tools. See the Directory of published versions

Resource Profile: JP Core DiagnosticReport Microbiology Profile

項目内容
定義URL http://jpfhir.jp/fhir/core/StructureDefinition/JP_DiagnosticReport_Microbiology
Version 1.1.2
Name

JP_DiagnosticReport_Microbiology
Title

JP Core DiagnosticReport Microbiology Profile
Status Active ( 2023-10-31 )
Copyright

Copyright FHIR Japanese implementation research working group in Japan Association of Medical Informatics (JAMI) 一般社団法人日本医療情報学会NeXEHRS課題研究会FHIR日本実装検討WG

このプロファイルはDiagnosticReportリソースに対して、データを送受信するための微生物学検査レポートの制約と拡張を定めたものである。


本プロファイルは、患者に関連付けられた微生物学的検査（一般細菌検査及び抗酸菌検査）の結果を記録、検索、および取得するためのDiagnosticReportリソースを使用するにあたっての、最低限の制約を記述したものである。またこのプロファイルを使用するときに、どの要素、拡張機能、語彙、および値セットがリソースに存在する必要があるかを示す。

微生物学的検査結果は、通常はObservationリソースを参照するDiagnosticReportリソースを使用してグループ化および要約されたものである。
各Observationリソースは、個々の微生物学的検査と結果値またはコンポーネントの結果、または他のObservationを参照するネストするためのパネル（微生物感受性パネルなど）を表す。 また、レポート形式またはフリーテキストで表示することもできる。

背景および想定シナリオ

本プロファイルは、以下のようなユースケースを想定している。

  • 通常の診療業務として施設内で発生する検査オーダを元に実施される微生物学的検査の結果報告の参照（患者単位）
  • 院内の感染対策として特定の病原体感染（例：MRSA、ESBL産生菌等のような多剤耐性菌）の発生状況に関するサーベイランス（感染対策チームなどによる患者横断的な探索）
  • 厚生労働省の院内感染対策サーベイランス（JANIS）のような公的機関による公衆衛生上の調査（施設横断的な調査）

スコープ

微生物学的検査を構成する一般細菌検査及び抗酸菌検査は複数の検査方法（塗抹鏡検、培養同定、感受性検査、分子生物学的検査、免疫学的検査など）で構成され、対象とする微生物の種類や検査目的などによって使用する検査方法の組み合わせが違ってくる。これらの検査方法のうちで培養同定は検査を開始してから最終の詳細結果が出るまでに一般細菌検査で数日、抗酸菌検査では数週間を要し、その間に段階的に判明する検査結果が数回に渡って報告され、内容が徐々に詳細になっていくという特徴がある。また、感受性検査は培養同定の結果に応じて実施され、培養同定された菌ごとに結果が報告される。

また、院内感染対策の観点から検査結果次第で当該患者に接する医療従事者への緊急の連絡あるいは結果の強調表示を要する検査が存在する（抗酸菌の塗抹鏡検結果、一般細菌の感受性結果など）。

微生物学的検査レポートで取り扱う結果報告書は、検査の診断結果として提供される一連の情報を組み合わせたものであるが、上記のような性質のため、時間経過とともに情報がより詳細かつより豊富に変化するという特徴を持つ。この情報には細菌または抗酸菌の種類とその量（定性値あるいは定量値）の情報、感受性を調べた薬剤の種類、感受性の有無を判定するための情報（最小発育阻止濃度）、それに基づいた感受性判定結果などが含まれ、情報の種別としてはテキスト、数値、コードなどが含まれる。画像情報は通常は返されないが、塗抹鏡検の写真をレポートに含める医療機関や検査会社があるかもしれない（未確認）。これらの情報の組み合わせは検査種別や報告のタイミング（検査の進捗状況）に応じて変化する。

現バージョンの本プロファイルでは原虫及びウイルスについては対象として想定していないが、診療報酬点数表に於いては「細菌培養同定検査は、抗酸菌を除く一般細菌、真菌、原虫等を対象として培養を行い、同定検査を行うことを原則とする。」と記載されており、原虫についても細菌検査の対象に含めることが必要になるケースがあり得ると考えられる。

本プロファイルの成熟度

本プロファイルは、Trial Useとして公開する。 微生物培養検査の結果を示すDiagnosticReportはFHIR R4でも複数の例が提示され、R5ではさらに異なる構造が例示されていることからも分かるように、複雑な構造を有している。
JP CoreではR4におけるMicro Isolate and Sensitivities-1をベースにプロファイルを作成したが、ユースケースによってはうまく整合しない場合がある可能性を否めない。
もし問題があった場合は、どのような問題が生じたか報告をお願いしたい。v1.2ではそれらの意見を統合した上で再検討する予定である。

プロファイル定義

Usage:

プロファイル詳細

Description of Profiles, Differentials, Snapshots and how the different presentations work.

NameFlagsCard.TypeDescription & Constraintsdoco
.. DiagnosticReport 0..* JP_DiagnosticReport_Common 診断レポート-依頼情報、１項目単位の結果、画像、解釈、およびフォーマットされたレポートの組み合わせ。【詳細参照】
... id Σ 0..1 id このアーティファクトの論理ID / Logical id of this artifact
... meta Σ 0..1 Meta リソースに関するメタデータ / Metadata about the resource
... implicitRules ?!Σ 0..1 uri このコンテンツが作成されたルールのセット / A set of rules under which this content was created
... language 0..1 code リソースコンテンツの言語 / Language of the resource content
Binding: CommonLanguages (preferred): 人間の言語。 / A human language.

Additional BindingsPurpose
AllLanguages Max Binding
... text 0..1 Narrative 人間の解釈のためのリソースのテキスト概要 / Text summary of the resource, for human interpretation
... contained 0..* Resource インラインリソースが含まれています / Contained, inline Resources
... extension 0..* Extension 実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
... modifierExtension ?! 0..* Extension 無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored
... identifier Σ 0..* Identifier 実行者/実施者または他のシステムによってこのレポートに割り当てられた識別子
... basedOn 0..* Reference(CarePlan | ImmunizationRecommendation | JP Core MedicationRequest Profile | JP Core MedicationRequest Injection Profile | NutritionOrder | ServiceRequest) 依頼されたサービス（検査や診断など）に関する詳細情報
... status ?!Σ 1..1 code 診断レポートのステータス
Binding: DiagnosticReportStatus (required): 診断レポートのステータス。 / The status of the diagnostic report.

... Slices for category Σ 1..* CodeableConcept 診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービスを分類するコード。微生物検査では、LoincコードのLP7819-8 微生物検査/MICRO を使用する。
Slice: Unordered, Open by value:$this
Binding: DiagnosticServiceSectionCodes (example): 診断サービスセクションのコード。 / Codes for diagnostic service sections.


.... category:All Slices Content/Rules for all slices
..... id 0..1 string 要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
..... extension 0..* Extension 実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
Slice: Unordered, Open by value:url
..... coding Σ 0..* Coding 用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
...... id 0..1 string 要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
...... extension 0..* Extension 実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
Slice: Unordered, Open by value:url
...... system Σ 0..1 uri カテゴリーコードシステムの識別URL
...... version Σ 0..1 string システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
...... code Σ 0..1 code カテゴリーコード
...... display Σ 0..1 string カテゴリー表示名
...... userSelected Σ 0..1 boolean このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
..... text Σ 0..1 string コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
.... category:microbiology Σ 1..1 CodeableConcept 診断レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービス（心臓病学、生化学、血液学、放射線医学など）を分類するコード
Binding: JP Core Diagnostic Report Category ValueSet (required)
..... id 0..1 string 要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
..... extension 0..* Extension 実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
Slice: Unordered, Open by value:url
..... coding Σ 0..* Coding 用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
...... id 0..1 string 要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
...... extension 0..* Extension 実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
Slice: Unordered, Open by value:url
...... system Σ 0..1 uri カテゴリーコードシステムの識別URL
Fixed Value: http://loinc.org
...... version Σ 0..1 string システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
...... code Σ 1..1 code カテゴリーコード
Fixed Value: LP7819-8
...... display Σ 0..1 string カテゴリー表示名
...... userSelected Σ 0..1 boolean このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
..... text Σ 0..1 string コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
... code Σ 1..1 CodeableConcept 診断レポート種別「微生物学的検査報告書」を表す文書コード
Binding: JP Core Document Codes DiagnosticReport ValueSet (preferred)
Required Pattern: At least the following
.... id 0..1 string 要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
.... extension 0..* Extension 実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
.... coding 1..* Coding 用語システムによって定義されたコード / Code defined by a terminology system
Fixed Value: (complex)
..... id 0..1 string 要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
..... extension 0..* Extension 実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
..... system 1..1 uri 用語システムのアイデンティティ / Identity of the terminology system
Fixed Value: http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_DocumentCodes_CS
..... version 0..1 string システムのバージョン - 関連する場合 / Version of the system - if relevant
..... code 1..1 code システムによって定義された構文のシンボル / Symbol in syntax defined by the system
Fixed Value: 18725-2
..... display 1..1 string システムによって定義された表現 / Representation defined by the system
Fixed Value: 微生物学的検査報告書
..... userSelected 0..1 boolean このコーディングがユーザーによって直接選択された場合 / If this coding was chosen directly by the user
.... text 0..1 string コンセプトの単純なテキスト表現 / Plain text representation of the concept
... subject Σ 0..1 Reference(JP Core Patient Profile | Group | Device | JP Core Location Profile) 診断レポートの対象患者に関する情報
... encounter Σ 0..1 Reference(JP Core Encounter Profile) 直近の細菌検査に直結するEncounterリソースを参照
... effective[x] Σ 0..1 dateTime 検体採取日時（effectivePeriod は未使用）
... issued Σ 0..1 instant 最新のレポート確定日
... performer Σ 0..* Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam) 診断レポートの作成発行に責任をもつ診断サービス/担当者に関する情報、原則未使用とする
... resultsInterpreter Σ 0..* Reference(JP Core Practitioner Profile | JP Core PractitionerRole Profile | JP Core Organization Profile | CareTeam) 検査責任者（外部検査会社への委託の場合には組織名を指定することもある）
... specimen 0..* Reference(Specimen) 診断レポートのもとになった検体に関する情報
... result 0..* Reference(JP Core Observation Microbiology Profile) 該当するObservationを設定する
... imagingStudy 0..* Reference(ImagingStudy) 診断レポートに関連づけれられたDICOM検査画像に関する情報、原則未使用
... media Σ 0..* BackboneElement 診断レポートに関連づけられたメディアに関する情報
.... id 0..1 string 要素間参照のための一意のID / Unique id for inter-element referencing
.... extension 0..* Extension 実装で定義された追加のコンテンツ / Additional content defined by implementations
.... modifierExtension ?!Σ 0..* Extension 認識されていなくても無視できない拡張機能 / Extensions that cannot be ignored even if unrecognized
.... comment 0..1 string 画像についてのコメント（例：説明） / Comment about the image (e.g. explanation)
.... link Σ 1..1 Reference(Media) 画像ソースへの参照 / Reference to the image source
... conclusion 0..1 string 簡潔かつ臨床的な文脈で表現した診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）、 原則未使用であるがコメントを記載してもよい
... conclusionCode 0..* CodeableConcept 診断レポートの要約結論（解釈、インプレッション）を表すコード、原則未使用
Binding: SNOMEDCTClinicalFindings (example): レポートの補助として提供される診断コード。 / Diagnosis codes provided as adjuncts to the report.


... presentedForm 0..* Attachment 診断サービス/担当者によって発行された診断レポート全体のコンテンツ（例えばPDFファイルなど）、原則未使用

doco Documentation for this format

 

Other representations of profile: CSV, Excel, Schematron

必須要素

本プロファイルでは、次の要素を持たなければならない。

  • status : 診断レポートのステータスは必須である。http://hl7.org/fhir/diagnostic-report-status　よりひとつを選択する。final：完成レポート、cancelled：取り消しレポート、partial：部分作成レポート（不完全）など。
  • category : レポートを作成した臨床分野、部門、または診断サービスを分類するコード。LP7819-8 “微生物検査” 固定、必須。
  • code : レポート種別コード。system：”http://jpfhir.jp/fhir/core/CodeSystem/JP_DocumentCodes_CS”　code: “18725-2” 　display: “微生物学的検査報告書” 　固定、必須。

Extensions定義

本プロファイルで追加定義された拡張はない。

制約一覧

本プロファイルでは、以下の制約を満たさなければならない。

id レベル 位置 説明 式
1 Warning DiagnosticReport.result.reference 微生物検査の場合（categoryが’Microbiology’）.referenceが存在する必要がある。 DiagnosticReport.category.code=’MB’ implies DiagnosticReport.result.reference.exists()

利用方法

OperationおよびSearch Parameter 一覧

Search Parameter一覧

微生物学的検査結果ユースケースのSearch Parameter一覧は共通情報プロファイルとは異なり以下の通りである。

コンフォーマンス パラメータ 型 説明 表現型 　例　
SHALL identifier token レポートに割り当てられた識別子 DiagnosticReport.identifier GET [base]/DiagnosticReport?identifier=http://myhospital.com/fhir/diagnosticreport-id-system|1234567890
MAY based-on reference オーダ情報への参照 DiagnosticReport.basedOn (ServiceRequest) GET [base]/DiagnosticReport?based-on=ServiceRequest/12345
SHOULD category token レポート種別 DiagnosticReport.category (JP Core DiagnosticReport Category ValueSet) (デフォルト：LP7819-8) GET [base]/DiagnosticReport?category=LP7819-8
SHOULD date date レポート作成日 DiagnosticReport.effectiveDate GET [base]/DiagnosticReport?date=le2020-12-31
SHOULD patient reference レポートの対象患者 DiagnosticReport.subject.where(resolve() is Patient) (Patient) GET [base]/DiagnosticReport?patient=123

サンプル

注意事項

微生物検査結果　培養・同定と感受性のネスト構造

次のDiagnosticReportリソースの例は、関連するObservationを使用して、1レベルと2レベルのネストされた菌および感受性パネルを備えた培養・同定結果と感受性結果の例を示す。

培養・同定と感受性のネスト構造

その他、参考文献・リンク等

  1. 厚生労働省院内感染対策サーベイランス事業 (https://janis.mhlw.go.jp/)
  2. FHIR BaseのDiagnosticReportサンプル(Micro Isolate and Sensitivities) DiagnosticReport-Examples#Micro Isolate and Sensitivities


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